Apabila Persekutuan Tanah Melayu dibentuk pada tahun 1948, dirasakan perlu diadakan sebuah bendera sebagai lambang kepada kewujudan Persekutuan tersebut. Penciptaan Bendera Persekutuan Tanah Melayu telah diilhamkan melalui satu pertandingan mereka cipta bendera yang dianjurkan di peringkat kebangsaan. Pertandingan ini telah dikelolakan oleh satu Jawatankuasa Khas yang telah ditubuhkan pada bulan Mei 1948 dan dianggotai oleh:
PengerusiSir Alec Newboult (Ketua Setiausaha Negara)
Wakil Sultan
Dato' Abdul Malek bin Yusuf - Menteri Besar Negeri Sembilan
Dato' Mahmud bin Mat - Menteri Besar Pahang
Wakil Menteri-menteri Besar
Dato' Onn Jaafar - Menteri Besar Johor
Wakil Majlis Perundangan Persekatuan
Tunku Yacob Ibni Sultan Abdul Hamid
Encik Zainal Abidin bin Abbas
Wakil Negeri Selat
A.V Atson (Pesuruhjaya Residen Pulau Pinang)
H.H Facer
Wakil Ahli Tidak Rasmi Majlis Perundangan Persekutuan
Mr. Yong Shook Lin
Pada 15 November 1949, Jawatankuasa ini telah menerima sebanyak 373 reka bentuk bendera untuk dikemukakan kepada Majlis Perundangan Persekutuan untuk dibuat pertimbangan dan pemilihan. Dari jumlah tersebut, hanya tiga rekaan sahaja yang dipilih untuk disenarai pendekkan. Reka bentuk pertama ialah lambang keris bersilang di tengah-tengah dengan dikelilingi oleh 11 bintang pecah lima. Reka bentuk kedua hampir serupa dengan reka bentuk pertama kecuali 11 bintang pecah lima itu disusun dalam 2 bulatan mengelilingi Keris Bersilang, tersebut. Reka bentuk ketiga ialah 11 jalur biru - putih dengan bulan bintang berwarna putih di bahagian tepi kiri.
Daripada rekaan-rekaan tersebut, rekaan ketiga oleh Mohamed Bin Hamzah, arkitek Jabatan Kerja Raya Johor telah mendapat pilihan majoriti. Pemilihan bendera ini telah mendapat perkenan Mesyuarat Majlis Raja-Raja yang berlangsung pada 22 dan 23 Februari 1950 setelah dibuat beberapa pindaan. Pada asalnya, bulan sabit dan bintang adalah berwarna putih, tetapi atas cadangan Sultan Kedah dan persetujuan Raja-Raja Melayu yang lain, warna putih itu telah digantikan dengan warna kuning bagi melambangkan warna Diraja. Akhirnya, pada 19 April 1950, Majlis Perundangan Persekutuan telah meluluskan usul yang dibentangkan oleh Pemangku Ketua Setiausaha Negara mengenai Bendera Persekutuan Tanah Melayu, seperti yang diperkenankan oleh Majlis Raja-Raja Melayu.
Pada 26 Mei 1950, buat pertama kalinya bendera itu telah dikibarkan di Istana Sultan Selangor di Kuala Lumpur. Majlis pengibaran bendera Persekutuan Tanah Melayu itu telah dihadiri oleh Sultan Selangor serta wakil-wakil Sultan iaitu Haji Abdul Wahab bin Abdul Aziz (Menteri Besar Perak), Dato' Mahmud bin Mat (Menteri Besar Terengganu), Nik Ahmad Kamil bin Haji Mahmud (Menteri Besar Kelantan), Raja Haji Ahmad bin Raja Endut (Menteri Besar Perlis), Tunku Ismail bin Tunku Yahya (Menteri Besar Kedah) dan Dato' Abdul Malek bin Yusuf (Menteri Besar Negeri SembiIan). Bendera Persekutuan Tanah Melayu telah dinaikkan oleh Sir Henry Gurney (Persuruhjaya Tinggi British di Persekutuan Tanah Melayu) bagi pihak pembesar-pembesar negeri pada jam 9.30 pagi. Bermula dari saat yang bersejarah itulah, Persekutuan Tanah Melayu mempunyai benderanya sendiri yang menjadi
lambang kemegahan serta simbol sebuah negara yang mempunyai rakyat yang bersatu padu.
Apabila negara mencapai kemerdekaan, sekali lagi upacara rasmi menaikkan Bendera Persekutuan Tanah Melayu telah diadakan. Tepat jam 12.01 malam 31 Ogos 1957, bertempat di Padang Kelab Selangor, Bendera Persekutuan Tanah Melayu telah dikibarkan dengan megahnya bagi menggantikan bendera Union Jack. Bendera Persekutuan Tanah Melayu telah dinaikkan oleh Tahir bin Abdul Majid diiringi lagu kebangsaan iaitu lagu Negaraku yang buat pertama kalinya diperdengarkan kepada umum.
Bendera ini berukuran 6 kaki lebar dan 3 kaki panjang dengan enam jalur berwarna merah dan lima jalur berwarna putih. Sebelas jalur ini melambangkan perpaduan sebelas buah negeri Persekutuan iaitu Johor, Kedah, Kelantan, Melaka, Negeri Sembilan, Pahang, Perak, Perlis, Pulau Pinang, Selangor, dan Terengganu.
Warna merah, putih dan biru melambangkan negara ini sebuah negara Komanwel.
Bulan dan bintang melambangkan agama Islam sebagai agama rasmi Persekutuan Tanah Melayu.
Warna kuning di bulan dan bintang melambangkan warna Diraja yang menandakan kedaulatan Sultan-sultan Negeri Tanah Melayu yang juga sebagai Ketua Agama Islam.
Perpaduan dan kerjasama negeri-negeri ini juga disimbolkan oleh bintang pecah sebelas.